Датой основания Балтийской таможни принято считать 15 ноября 1703 год, когда в порт молодого города Санкт-Петербурга пришло первое судно с грузом вина и соли.
В своем современном виде Балтийская таможня начала свою работу по таможенному контролю и таможенному оформлению грузов 1 января 1993 года. Зоной деятельности Балтийской таможни являются причалы, акватории и прилегающие воды Кронштадта и Санкт-Петербурга, а также Невский, Василеостровский и Ленинградский пункты пропуска.
Балтийская таможня сформирована на базе подразделений Северо-Западного таможенного управления (СЗТУ) и состоит из двадцати двух отделов и четырех самостоятельных служб. Штат Балтийской таможни насчитывает 700 человек.
Таможенное оформление судов, прибывающих в порт Санкт-Петербурга, осуществляется в круглосуточном режиме, а общий товарооборот грузов оценивается в 20 миллионов тонн.
Отличительной особенностью Балтийской таможни является то, что она одновременно является и внутригородской, и пограничной. Балтийская таможня активно сотрудничает с таможенными органами европейских стран в сфере обмена информацией и опытом, а также пресечения таможенных правонарушений.
