Балтийская и Санкт-Петербургская таможни входят в состав Северо-Западного таможенного управления.
Балтийская таможня, в основном, опосредует таможенным оформлением морские линии, проходящие через основные портовые центры региона. В составе Балтийской таможни функционируют семь таможенных постов, которыми охвачены восемь складов временного хранения и магазин беспошлинной торговли. На 2010 год по официальным статистическим данным в реестр Балтийской таможни занесено более 4 тысяч субъектов внешнеэкономической деятельности. Оказывают услуги перевозки грузов под таможенным контроле 26 таможенных перевозчиков, в том числе, осуществляющих и внутрипортовое экспедирование. Помощь в документальном оформлении таможенных процедур производят свыше ста таможенных брокеров.
Каждый день работы Балтийской таможни связан с оформлением в среднем 24 судов с самыми различными товарами из разнообразных уголков света (за исключением подакцизных товаров). Работа свыше тысячи таможенных специалистов таможни подчиняется внедренному принципу «Сухой порт».
Санкт-Петербургская таможня, как и Балтийская, производит таможенные операции в отношении не подакцизных грузов. Сфера деятельности ее ограничивается международными перевозками посредством железнодорожного и автомобильного транспорта. Подконтрольная территория Санкт-Петербургской таможни – это Ленинградская область, в том числе, город Санкт-Петербург, за исключением зон доверенных иным таможням Северо-Западного таможенного управления (например, городов Выборг, Кингесепп и др.). В настоящее время, таможня проходит процесс реорганизации с внедрением системы «Удаленного выпуска».
